El Colegio fue fundado en el año 1996, a partir de la inquietud de un grupo de familias de Valdivia que querían contar con un colegio católico que colaborará con las familias en su labor evangelizadora.

Estas familias fundadoras lograron materializar este sueño, contando en su oportunidad con el apoyo del Padre Gabriel Guarda OSB e iniciando sus actividades en marzo de 1997, con un curso por nivel hasta 5º básico. En diciembre de 1996, el Obispo de Valdivia en ese entonces, don Ricardo Ezatti, bendijo el inicio de las obras.

Actualmente el Colegio tiene aproximadamente 550 alumnos.

Para el funcionamiento del Colegio se adquirió un terreno de 3,6 Hás, en el sector de Torobayo, área de importante desarrollo inmobiliario.

El Colegio San Luis de Alba es particular pagado, cuenta con un reconocido prestigio en la ciudad de Valdivia. Es un colegio que destaca en los Indicadores de desarrollo personal y social del SIMCE, tales como autoestima académica y motivación escolar; clima de convivencia escolar; participación y formación ciudadana; y hábitos de vida saludable.

El nombre del colegio está asociado a la figura del Padre Gabriel Guarda OSB, que lo recomendó para conectar este nuevo colegio con la historia más que secular de Valdivia. Recordemos que la ocupación de Valdivia por los holandeses en 1643 encendió las alarmas de los españoles. El Marqués de Mancera resuelve fortificar la ciudad de Valdivia. La misión encomendada fue repoblar la ciudad y asegurar la comunicación con el centro de Chile. En esto último, el río Cruces jugaría un rol fundamental. El nombre «San Luis de Alba» ocurrió durante el mandato del Conde de Alba de Liste, Virrey Luis Henríquez Guzmán, entre los años 1655 y 1661. Está ubicado en la localidad y Comuna de San José de la Mariquina, Región de Los Ríos, y posee rango de castillo, el más alto entre las fortificaciones, pese a la simplicidad y dimensiones de su estructura. Su importancia radica principalmente en su ubicación estratégica y por haber funcionado durante un siglo y medio como el principal frente de defensa de la ciudad de Valdivia.